島原と天草で、一揆を画策する首謀者達は、有明海に浮かぶ「湯島」（ゆしま）で会談を行ない、カリスマ的な存在だった天草四郎をリーダーに置くことを決定しました。
そして1637年（寛永14年）、島原の人々の怒りが頂点に達する事件が起きます。島原藩に年貢を納められなかった家の妊婦が、厳冬の川でさらし者にされ、命を落としたのです。
この事件を発端に、島原の領民は立ち上がり、代官を殺害。次々と寺社を焼き、島原藩の討伐軍を「島原城」（現在の長崎県島原市）へ追い込みます。城下を焼き払い、一揆は島原藩全体に広がっていきました。そして、島原に呼応するかのように、天草でも農民が蜂起。天草四郎らは「富岡城」（現在の熊本県天草郡）へと進軍します。
しかし、島原城、富岡城どちらも落城にはいたりません。島原・天草を合わせた一揆衆は、合流して廃城となっていた「原城」（はらじょう：現在の長崎県南島原市）に立てこもりました。原城に集まった民衆の数は、20,000とも30,000とも伝えられています。
快進撃を続ける天草四郎率いる一揆衆に対して危機感を覚えた江戸幕府側は、「板倉重昌」（いたくらしげまさ）を派遣。原城に総攻撃を仕掛けますが、一揆衆の守りは非常に堅く、苦戦を強いられます。そして、天草四郎の鼓舞により士気を上げた一揆衆は、板倉重昌を討ち取るのです。
原城での籠城戦
そこで徳川幕府は、「松平信綱」（まつだいらのぶつな）を派遣。松平信綱は、原城への兵糧攻めに加え、全九州の大名による12万人の大軍を集めて出陣します。さらに松平信綱は、平戸（現在の長崎県）から呼び寄せたオランダ軍船より128発の艦砲、石火矢台より298発の大砲を原城に撃ち込んだのです。
それでも原城は落城しないため、幕府側も降伏するよう説得しますが、一揆衆が呼びかけに答えることはありません。島原の乱の首謀者はキリシタン大名の家臣。一揆の中心は農民とは言え、農民へと転じた武士も多く、武器の扱いに長けていたことも、一揆が長引いた要因だったと言われています。
しかし、蜂起から4ヵ月、討伐軍の総攻撃により、ついに原城は陥落。まだ16歳だった天草四郎を含め、籠城していた一揆衆は、子供から大人まで全員処刑となりました。
なお、一揆鎮圧後、島原藩主の松倉勝家は、改易（かいえき：領地の没収）の上、斬首刑。唐津藩主・寺沢広高は、天草領40,000石を失い、10年後に自害しています。
徳川幕府は、島原の乱を機に、外交政策や宗教政策を一層厳しく取り締まり、全国でキリシタンの摘発を開始しました。島原の乱は、徳川幕府による、200年以上にわたる「鎖国政策」促進の一因となったのです。
